Pada tanggal 31 Mei 1950, CPMD dan CPMS digabung menjadi satu dalam CPM, dan markas besarnya yang awalnya berada di Yogyakarta dipindahkan ke Jakarta.
Nama Markas Corps Polisi Militer kemudian diubah menjadi Markas Besar Polisi Militer.
Kemudian, pada tanggal 28 November 1950, ditetapkan pembentukan 7 Batalyon Polisi Militer di seluruh Indonesia, termasuk pembentukan Batalyon Rajasa, yang merupakan Satuan Khusus CPM yang dapat dikerahkan dengan cepat.
Kemudian, pada tanggal 6 Maret 1971, melalui Keputusan Menhankam Panglima ABRI Nomor: Kep/A/7/III/1971, terbentuklah organisasi Polisi Militer ABRI yang berdampak pada struktur organisasi Polisi Militer Angkatan Darat.
Pada tanggal 5 Februari 1972, melalui Keputusan Kepala Staf TNI AD Nomor: Kep/45/II/1972, ditetapkanlah organisasi Dinas Provoost Angkatan Darat.
Pada tanggal 4 Februari 1984, melalui Keputusan Panglima ABRI Nomor: Kep/04/P/II/1984 tentang Penyelenggaraan fungsi Kepolisian Militer di lingkungan ABRI dan Kepala Staf TNI AD Nomor: Kep/11/XII/1984 tanggal 17 Desember 1984 tentang pencabutan organisasi Dinas Provost TNI AD, organisasi tersebut berubah menjadi Pusat Polisi Militer.
Pada saat itu, Pusat Polisi Militer memiliki kewenangan dalam melaksanakan tugas dan fungsi terhadap ketiga Angkatan (AD, AL, AU) serta Polri, yang dikenal dengan sebutan Bina Tunggal.
Setelah terjadi reformasi dan pemisahan Polri dari organisasi TNI, Jenderal TNI Endriartono Sutarto mengeluarkan Keputusan Panglima TNI Nomor Kep/1/III/2004 tanggal 26 Maret 2004 tentang Penyelenggaraan Tugas dan Fungsi Kepolisian Militer di lingkungan TNI.
Tugas dan fungsi kepolisian militer dilaksanakan di masing-masing korps, yaitu Polisi Militer TNI Angkatan Darat (POMAD), Polisi Militer TNI Angkatan Laut (POMAL), dan Polisi Militer TNI Angkatan Udara (POMAU).
Wewenang komando dan pengendalian operasional kepolisian militer berada pada Panglima TNI, dalam pelaksanaannya dilimpahkan kepada Kepala Staf Angkatan masing- masing.
Pada 3 Mei 2015, untuk meningkatkan tata tertib dan penegakan hukum di lingkungan TNI, Panglima TNI Jenderal TNI Moeldoko merombak struktur satuan Polisi Militer dari Staf Khusus POM TNI menjadi POM TNI.
POM TNI kini berada langsung di bawah komando Panglima TNI, dan tidak lagi dilimpahkan ke masing-masing korps.***