Namun dalam praktiknya, sejumlah unggahan di media sosial menunjukkan berbagai keluhan terkait MBG Pekalongan dan daerah lain. Keluhan tersebut mulai dari kualitas makanan hingga kesesuaian harga per porsi yang menjadi bahan perbincangan publik.
Tidak hanya dari wali murid, sejumlah guru juga sempat mengunggah pengalaman mereka saat harus membantu proses distribusi menu makan bergizi gratis di sekolah. Dalam beberapa kasus, makanan yang datang dari dapur harus dipindahkan terlebih dahulu sebelum dibagikan kepada siswa.***